隨著光譜分析儀器的迅速發展，微量、半微量、熒光等一些比色皿不斷出現，對使用維護、清洗比色皿有更高的要求。一般在國外都是一次性使用，在國內為了節約成本，開源節流而重復使用。如何對比色皿進行清洗，只能按照各種試劑，采用能溶解中和的方法來進行清洗，原則上一是不能損壞比色皿的結構和透光性能；二是能夠采用中和溶解的方法來達到比色皿干凈如初的效果。而分光光度計中比色皿潔凈與否是影響測定準確度的因素之一。因此，必須重視選擇正確的洗凈方法。
下面介紹幾種清洗方式： 　　
1、比如測定溶液是酸，如果不干凈，就用弱堿溶液洗，要是測定溶液是堿，如果不干凈，就用弱酸溶液洗，要是測定溶液是有機物質，如果不干凈，就用有機溶劑，比如酒精等溶液洗。 　　
2、選擇比色皿洗滌液的原則是去污效果好，不損壞比色皿，同時又不影響測定。 　　
3、分析常用的鉻酸洗液不宜用于洗滌比色皿，這是因為帶水的比色皿在該洗液中有時會局部發熱，致使比色皿膠接面裂開而損壞。同時經洗液洗滌后的比色皿還很可能殘存微量鉻，其在紫外區有吸收，因此會影響鉻及其他有關元素的測定。一般主張使用硝酸和過氧化氫（5：1）的混合溶液泡洗，然后用水沖洗干凈。 　　
4、對一般方法難以洗凈的比色皿，還可以采取以下兩種方法。 　　
A、先將比色皿侵入含有少量陰離子表面活性劑的碳酸鈉（20克/升）溶液泡洗，經水沖洗后，再于過氧化氫和硝酸（5：1）混合溶液中侵泡半小時。 　　
B、在通風櫥中用鹽酸、水和甲醇（1：3：4）混合溶液泡洗，一般不超過10分鐘。 　　
C、比色皿不可用堿液洗滌，也不能用硬布、毛刷刷洗。